EM stärkt die natürlichen Abwehrkräfte der Sträucher und Bäume. Mit EM entsteht an der Oberfläche der Blätter ein Milieu, welches von Erregern gemieden wird. Bei längeren Hitzeperioden kann der Wasserhaushalt besser reguliert werden, die Wurzeln werden stark und die Früchte wachsen gleichmässiger und bringen eine geschmackvolle Ernte. Es kann sowohl über die Blätter, den Stamm, als auch den Boden eingewirkt werden. Zugabe von organischem Material (Küchenbokashi), sowie Mulchbehandlung über den Boden, Besprühen der Blätterober- und -unterseiten, sowie Schutz der Baumstämme (durch Pasten mit EM) sind die am häufigsten angewandten Kombinationen.