Les EM renforcent les défenses naturelles des arbustes et des arbres. Ils créent à la surface des feuilles un environnement qui repousse les agents pathogènes. Lors de longues périodes de chaleur, l'équilibre hydrique est mieux régulé, les racines se renforcent et les fruits poussent de manière plus homogène, offrant une récolte savoureuse. Il peut être appliqué aussi bien sur les feuilles et le tronc que sur le sol. L'ajout de matière organique (bokashi de cuisine), le paillage du sol, la pulvérisation sur le dessus et le dessous des feuilles, ainsi que la protection des troncs d'arbres (à l'aide de pâtes contenant des EM) sont les combinaisons les plus couramment utilisées.