Für Nutztiere gibt es spezifische EM-Produkte, die das Fell und das Umfeld der Tiere mikrobiell verbessern können. Im Stall wird ausserdem Boden-FIT zur Fliegenregulierung regelmässig eingesetzt. Es ist auch eine EM-Vernebelungsanlage erhältlich, die das Sprühen im Stall vereinfacht. Boden-FIT wird auch in Gülle und Mist zugegeben. Der Ammoniakgeruch wird deutlich gemindert (bis zu 40%), ebenso wird die Fliegenpopulation reduziert und die Gülle wird homogener und fliessfähiger, stinkt und brennt weniger und ist pflanzenverträglicher. Zudem wird eine Neubildung der Schwimmdecke auf dem Güllesilo verhindert.